上記の記事の大事な部分を抜粋します。
　「マイナンバーやマイナンバーカードの活用では、過去にもデータ誤りなどのトラブルが起きており、今回で複数の「失策」を重ねたことになる。司令塔となるデジタル庁を中心に、政府が一気に噴出したトラブルから改善につなげられるかが、次の失策を防ぐためのポイントとなる。」

「今回の一連の混乱でデジタル庁や総務省がまず改善すべき課題は、情報の開示や共有が遅く、改善活動ができていなかったことだ。（中略）
しかしデジタル庁と総務省ともに相談があった各自治体と個別の問題解決に終始した。情報開示はなく、同じ問題が他の自治体で起こっていないかを能動的に確認を取って対策するといった手を打っていない。2省庁が5月23日以降に相次いで問題を公表したのは、コンビニでの証明書の誤交付などで制度への心配が広がり、一部の自治体が公表を始めたからだ。」

「システムの不具合や、端末操作など人的ミスをゼロにする業務設計は難しい。だからこそ運用段階で見つかった課題は、問題に至っていない「ヒヤリハット」も含めて、情報を早く共有し、改善する体制が必要になる。本来はデジタル庁がそのリーダー役を担うべきだった。」

「マイナ保険証の誤データ問題から類推できるのは、新しい行政分野でマイナンバーの用途を広げるたびに、同様の人手に頼ったデータ整備が発生するケースがあること。データ整備の難しさを示唆している。」

私なりに単純に申し上げれば、システムの設計、運用にかかるプロジェクト管理体制ができていなかったということです。
一言で言えば、デジタル庁が（担当大臣も含めて）無能だった、ということではないのでしょうか。
もちろん、富士通などのベンダーの問題も目に余るものです。ベンダーの選択を誤っていたのでしょう。
当事者に原因究明と対策を検討させるだけでなく、外部第三者の目で徹底的な検証が必要です。


【参考ブログ】

銅鑼猫（社会保険労務士・健康保険エキスパートアドバイザー　玉上信明）